燃料电池按照不同的方式可分为如下：

　　1. 按燃料电池的运行机理分。

　　可以分为酸性燃料电池以及碱性燃料电池。

　　2. 按电解质的种类不同，有酸性、碱性、熔融盐类或固体电解质。

　　所以燃料电池可分为磷酸燃料电池（PAFC）、碱性燃料电池（AFC）、熔融碳酸盐燃料电池(MCFC)、质子交换膜燃料电池（PEMFC）固体氧化物燃料电池（SOFC）等。

　　3. 按燃料种类分。

　　有甲苯、丁烯、丁烷、氢气、甲醇、甲烷、乙烷等有机燃料，汽油、柴油和天然气等气体燃料，有机燃料和气体燃料必须经过重整器"重整"为氢气后，才可以作为燃料电池的燃料。

　　4. 按燃料电池工作温度分。

　　低温型：温度低于200℃，中温型：温度为200～750℃。高温型：温度高于750℃。

　　还有在高温（600～1000℃）下运行的燃料电池，比如熔融碳酸盐燃料电池（MCFC）和固体氧化物燃料电池（SOFC），这类的燃料电池不需使用贵金属作为催化剂。但是因为工作温度高，需要使用复合废热回收装置来利用废热，体积大，质量重，只适用于大功率的发电厂中。